Konfiguracja modułu sprawy odbywa się w kilku krokach.
1.Utworzenie struktury organizacyjnej w tak, aby była ona podzielona na komórki organizacyjne (działy).
Aby skonfigurować poprawnie strukturę zapoznaj się z opisem Struktura Organizacyjna.
2.Zdefiniowanie w systemie kategorii spraw, czyli JRWA.
W systemie znajdują się domyślne kategorie spraw, jeżeli są wystarczające, możesz pominąć ten krok.
3.Opublikowanie kategorii spraw na wybranym dziale, czyli utworzenie teczki oraz nadanie uprawnień użytkownikom.
Definiowanie kategorii spraw
Zarządzanie kategoriami spraw odbywa się w panelu Kategorie spraw. Aby go wyświetlić należy przejść do Ustawienia Aplikacji > Systemowe > Ogólne > Kategorie spraw i wybrać przycisk ZDEFINIUJ.
Tworząc strukturę kategorii spraw należy kierować się zasadą aby umieszczać kategorie wystarczająco głęboko w strukturze zapewniając odpowiednią szczegółowość i unikalność kategorii. Warto również poinformować użytkowników, że jeśli uważają, że brakuje im kategorii to powinni zgłosić to administratora. Pozwali to na późniejsze uniknięcie bałaganu w bardziej ogólnych kategoriach.
W panelu zarządzania kategoriami spraw istnieje możliwość dodania, edycji i usunięcia kategorii, jak również otwarcie, zamknięcie oraz import kategorii spraw.
Podstawowymi opcjami zarządzania są: Dodanie nowej, edycja istniejącej oraz usunięcie istniejącej kategorii spraw. 
Aby dodać nową kategorię należy zaznaczyć miejsce w drzewku, wybrać przycisk Nowa, a następnie uzupełnić nazwę oraz zapisać zmianę. Analogicznie wykonuje się edycję wybranej kategorii.
Kolejnymi opcjami są Zamknięcie oraz Otwarcie kategorii spraw.
Funkcje te pozwalają na szybkie zamknięcie bądź otworzenie zamkniętych teczek utworzonych na wybranej kategorii. Zamknięcie teczki powoduje brak możliwości wyświetlenia jej w module sprawy.
Istnieje również możliwość importu kategorii spraw. Należy jednak pamiętać, że niepoprawnie przygotowany plik do importu spowoduje nadpisanie istniejących już kategorii spraw.
Import z CSV
Znajdujący się na pasku narzędziowym przycisk 
umożliwia zaimportowanie struktury spraw z pliku w formacie CSV.
Przykładowa struktura danych w pliku CSV:
Znak nadrzędny;Znal Akt;Nazwa
;0;ZARZĄDZANIE
0;00;PLANOWANIE
00;000;STRATEGIE I PLANY
0;01;DZIAŁANIA ZARZĄDU
01;010;POSIEDZENIA ZARZĄDU
Tworzenie teczki
W systemie, teczką nazwa się kategorię spraw opublikowaną na komórce organizacyjnej (dziale). Aby utworzyć teczkę, a więc udostępnić kategorię spraw dla wybranego działu należy przejść Ustawienia Aplikacji > Ogólne > Kategorie Spraw, a następnie wybrać przycisk PRZYDZIEL.
Wybranie przycisku spowoduje wyświetlenie Panelu edycji wyciągu z wykazu akt, gdzie po lewej stronie znajdują się zdefiniowane w strukturze działy, a po prawej lista dostępnych kategorii spraw.
Następnie, należy wybrać dział i przeciągnąć wybraną kategorię spraw do środkowego pola – Teczki.
Jeśli wszystkie kroki wykonano poprawnie, można zauważyć utworzenie teczki dla działu. Na przykładzie poniżej widać teczkę Budżety utworzoną dla działu Księgowości.
Niezależnie od poziomu kategorii, teczki nie będą przejmowały ich hierarchii. W teczkach obowiązuje bowiem jeden poziom -bez elementów podrzędnych i nadrzędnych.
Istnieje możliwość opublikowania jednej kategorii w różnych działach, tworząc dla nich teczki posiadające wspólny numer (kategorii), ale różniące się symbolem działu – np. KS.33 to budżety w dziale księgowym, a DH.33 to budżety w dziale handlowym.
Uprawnienia do teczek i spraw
Domyślnie, do każdej utworzonej teczki uprawnieni zostają wszyscy pracownicy działu, na którym została utworzona teczka oraz wszyscy użytkownicy, którzy mają prawa do jednostki do działu.
Dodatkowo, będąc w dziale, w którym znajduje się teczka bądź mając uprawnienia do użytkownika mamy również uprawnienie do wszystkich spraw utworzonych przez tego użytkownika.
Mamy zatem dwa uprawnienia:
•uprawnienie do teczki, dzięki któremu możemy tworzyć nowe sprawy w teczce bez możliwości oglądania utworzonych spraw przez innych użytkowników.
•uprawnienie do spraw, które utworzyli inni użytkownicy, ale bez możliwości tworzenia własnych, nowych spraw.
Powyższe dwa uprawnienia możemy nadać poprzez przejście do Obszarów (Kategorii Spraw) w Ustawienia Aplikacji > Ogólne > Kategorie spraw i wybranie przycisk Zdefiniuj.
Po wybraniu kategorii spraw, należy wybrać przycisk Edycji i przejść do zakładki Teczki / Dostępność.
W tym miejscu można zobaczyć, na jakich działach udostępniono wybraną kategorię spraw (zaznaczone checkboxem). Kolejne dwie ikony informują nas o dodatkowych uprawnieniach – do teczek i spraw.
Uprawnienia do teczki
Klikając ikonę 
, czyli opcję Zarządzaj domyślnymi uprawnieniami do teczki, można zdecydować, którzy z użytkownicy będą mieć uprawnienia do wszystkich utworzonych spraw w ramach tej teczki.
Po wybraniu użytkownika i kliknięciu strzałki możemy zdecydować jaki poziom uprawnień nadać.
Do wyboru mamy:
•Odczyt – dostęp do kartoteki sprawy bez możliwości zarządzania zawartością zakładek, jednak z możliwością tworzenia spraw podrzędnych i dodawania komentarzy.
•Zapis zadań i dokumentów – zarządzanie zawartością zakładek Terminarz oraz Dokumenty. Działa, gdy nadano prawo do odczytu oraz uprawnienia do dokumentów.
•Zarządzanie (karta Ogólne i Uprawnienia – zarządzanie zawartością zakładki Ogólne oraz możliwość nadawania uprawnień do spraw. Działa gdy nadano prawo do odczytu.
•Oglądanie wszystkich dokumentów oraz terminarza – prawo do odczytu zawartości zakładek Dokumenty oraz Terminarz, ale bez możliwości dodawania. Działa gdy nadano prawo do odczytu.
•Powiadomienia o nowych dokumentach, zadaniach i komentarzach – prawo do otrzymywania powiadomień o dodaniu nowych dokumentów w zakładce Dokumenty, zadań w zakładce Terminarz oraz komentarzy w zakładce Komentarze kartoteki sprawy.
Definiowany tu profil uprawnień będzie mieć zastosowanie dla nowo tworzonych spraw. Ew. zmiany ustawień nie dotyczą spraw już utworzonych.
Udostępnienie teczki
Kliknięcie ikony 
(Udostępnij) w kolejnej kolumnie otwiera okno Udostępnianie teczki, gdzie można zdecydować, który z użytkowników powinien móc dodawać nowe sprawy do teczki.
Podsumowując, uprawnienia do spraw przyznawane są na kilku poziomach:
•Bezpośrednio w kartotece sprawy – najważniejsze z punktu widzenia zarządzania sprawą.
•Poprzez zarządzanie kategoriami spraw – uprawnienia domyślne dla spraw zakładanych w wybranej teczce – są nadpisywane przez uprawnienia nadawane bezpośrednio w kartotece.
•Uprawnieniami do jednostek, czyli struktury organizacyjnej na kartotece pracownika.
•Poprzez zarządzanie grupami na kartotece pracownika.
•Domyślnymi uprawnieniami nadawanymi po założeniu sprawy przez dowolnego użytkownika w teczce udostępnionej danemu działowi, np. po założeniu sprawy w teczce w dziale księgowym wszyscy z tego działu zostaną uprawnieni do odczytu sprawy, niezależnie od tego, przez kogo będzie ona założona.