Istotnym aspektem działalności każdej firmy powinna być dbałość o bezpieczeństwo danych. Ze względu na tajność niektórych danych, dostęp do nich powinien być w programie kontrolowany, a użytkownicy muszą mieć precyzyjnie określony zestaw uprawnień.
Każdy z programów Symfonia ERP ma wbudowany wspólny mechanizm pozwalający na zróżnicowanie uprawnień przez określenie użytkowników, przydzielenie ich do odpowiednich zdefiniowanych wcześniej zestawów praw i zdefiniowanie zakresu ich dostępu do danych. Zabezpieczać dane przed przeglądaniem czy zmianami dokonywanymi przez nieuprawnionych użytkowników można poprzez indywidualne ustalenie praw dostępu do operacji i dokumentów.
W związku z tym ważne jest odróżnienie, kto wykonuje poszczególne czynności i za co dokładnie jest odpowiedzialny. Stąd program umożliwia pracę tylko tym osobom, które wcześniej zostały zarejestrowane jako użytkownicy modułu. Aby otworzyć firmę, użytkownik musi się zalogować na użytkownika z uprawnieniami do pracy z modułem Finanse i Księgowość.
Jeśli z modułu korzysta wiele osób o różnych kwalifikacjach, warto zróżnicować ich uprawnienia (np. osoba, która zajmuje się tylko wprowadzaniem dokumentów do komputera, nie ma prawa do modyfikacji planu kont).
W Symfonia ERP dostęp każdego użytkownika do modułu jest zabezpieczony hasłem o zdefiniowanych parametrach bezpieczeństwa.