W przypadku, gdy deklaracja zawiera błędy lub jest niezgodna ze schematem, można ją usunąć, a następnie wygenerować poprawną. Aby usunąć deklarację należy w oknie e-Deklaracja zaznaczyć ją na liście, a następnie użyć przycisku 
(Ctrl+D) lub wybrać polecenie Usuń z menu podręcznego.
Nie można usunąć e-deklaracji, która została podpisana, wysłana i potwierdzona. W takim przypadku należy wygenerować deklaracje w formie korekty, sprawdzić jej poprawność, podpisać, wysłać i potwierdzić. Usuwanie e‑deklaracji poprzedzone jest komunikatem a proces usuwania należy potwierdzić przyciskiem Tak.