Typowe konflikty uzgodnień wymagające ingerencji użytkownika to np.:
•Różne numery NIP.
Sytuacja, w której dane migrowanego kontrahenta są takie same oprócz numeru NIP. Program nie może utworzyć drugiego kontrahenta z tym samym Kodem.
Zalecane jest utworzenie nowego kontrahenta (przycisk Dodaj jako nowy).
Dla kontrahenta zostanie automatycznie wygenerowany nowy unikalny Kod i zostanie on oznaczony jako Uzgodniony 
.
•Różny tylko Kod kontrahenta (czyli unikalny kod/nazwa identyfikująca kontrahenta w programie).
W takiej sytuacji zalecane jest wskazanie odpowiedniego kontrahenta na liście z prawej strony i wykonanie uzgodnienia (przycisk Uzgodnij wybrane).
Wybrani kontrahenci na obu listach zostaną oznaczeniu jako Uzgodnieni .
Dodanie nowego kontrahenta skutkuje tym, że w docelowej bazie będzie dwóch kontrahentów z tym samym numerem NIP, z powiązaniami do własnych dokumentów.